En el año 2002, ante la necesidad de formar en las ciencias eclesiásticas a sus religiosos, la Provincia de Nuestra Señora de Gracia de Colombia estableció el Instituto de Estudios Superiores P. Fray Diego Francisco Padilla, OSA, para estudios de filosofía y teología. Posteriormente, fruto de una profunda reflexión sobre su compromiso con Colombia y la sólida tradición académica que la caracteriza, la Orden de San Agustín en Colombia proyectó la fundación de una institución de educación superior.

Así pues, mediante la Resolución No. 3600 del 2 de junio de 2009, el Ministerio de Educación Nacional de Colombia reconoció la personería jurídica a dicha institución con el nombre de Fundación Universitaria San Agustín. En el año 2018, a través de la Resolución No. 10741, el Ministerio de Educación Nacional ratificó la reforma estatutaria en la que se modificó la denominación institucional con el nombre de Fundación Universitaria Cervantes San Agustín – UNICERVANTES.